O ASE foi iniciado em 1972 e se encontra lotado no Departamento de Biologia (DBI), no Campus de São Cristóvão da Universidade Federal de Sergipe (UFS). Atualmente reúne uma coleção com mais de 43.000 exemplares entre algas, briófitas, licófitas, samambaias, gimnospermas e angiospermas, sendo este último o grupo mais representativo. Além disso, há uma carpoteca anexa.

Esta coleção é referência no Estado como depositário da diversidade botânica, decorrente de projetos realizados por profissionais de diversas áreas do conhecimento e atividades didáticas. A maior parte do material é oriunda de coletas no estado Sergipe, mas também recebe exemplares de outros estados e regiões brasileiras, principalmente da região Nordeste. Desde 2008, seu acervo se encontra informatizado e atualmente seus dados estão inseridos no programa BRAHMS, possibilitando a divulgação da diversidade florística existente em Sergipe através da disponibilização in situ e online em sítios como o speciesLink (https://specieslink.net/).